Има два метода за стерилизация на медицински инструменти, използвани в хирургията, а именно стерилизация при висока температура и стерилизация при ниска температура.
1. Методът на високотемпературна стерилизация е да се използва висока температура за денатуриране на микробни протеини, за да се постигне целта за убиване на бактерии. Той е най-широко използваният клинично и обикновено се използва стерилизация с пара под налягане, която е подходяща за инструменти и предмети, които могат да издържат на висока влажност и топлина. Има и флаш стерилизация с пара, която може да се използва за голи инструменти и предмети.
Второ, стерилизация при ниска температура, често използваща стерилизация с етиленов оксид. Най-клиничното приложение, предимството е, че не уврежда стерилизираните предмети, има силна проникваща способност и има добър ефект за убиване на микроорганизми. Парна стерилизация с формалдехид при ниска температура може да се използва за медицински изделия, които не могат да издържат на високи температури.
